为什么要研究新生RNA？
PRO-seq、TT-seq与常规RNA-seq的区别
传统RNA-seq反映稳态RNA水平，而新生RNA测序精准揭示即时转录动态。在新生RNA研究技术中，TT-Seq (Transient Transcriptome Sequencing)与PRO-seq (Precision Run-On Sequencing) 是目前最具代表性的两类前沿方法。
TT-seq
TT‑seq 即瞬时转录组测序，是一种基于代谢标记的新生RNA测序技术。TT-Seq通过在细胞中加入核苷类似物4‑硫尿苷 (4sU)，在短时间段内代谢标记新生RNA的多个U位点，随后富集含标记的片段进行测序。与传统RNA-seq主要反映稳态RNA水平不同，TT-seq能更精准地揭示即时的转录动态，具有高时效性、高灵敏度的特点。
应用场景
(1) 捕捉分钟级转录动态变化
TT-Seq能够精准捕捉转录动态响应，尤其适用于研究信号通路激活、药物刺激等快速转录事件。
(2) 检测编码及非编码新生RNA表达水平
能够检测合成中的编码RNA及非编码RNA，提供全基因组转录活性全景视图。
(3) 解析药物作用及转录调控机制
检测药物刺激的瞬时转录变化，解析药物作用机制。
(4) 研究双向转录事件
可直接检测转录方向，用于研究启动子及调控元件参与的双向转录和发散性转录分子机制。
PRO-seq
PRO‑seq能够以单碱基分辨率精准捕获细胞或冰冻组织中正在进行的转录事件，通过一步体外延伸与富集直接定位转录机器在基因组上的即时分布。在分钟级时间尺度上即可准确记录基因对环境或药物刺激的最早反应，弥补了传统 RNA-seq和ChIP-seq 难以检测即时转录变化且分辨率不足的局限。PRO-seq 具有高分辨率、高灵敏度和高时效性的特点。
应用场景
(1) 检测低丰度转录本的转录动态
该方法灵敏度高，可检测eRNA、短暂停基因等低丰度转录本，可用于微生物等复杂样本的新生转录本鉴定。
(2) 以高分辨率检测转录暂停、延伸、终止事件
PRO-seq转录延伸时仅能掺入一个生物素标记核苷酸，从而真实记录转录复合物分布并反映转录暂停、延伸等动态。
(3) 解析转录调控机制
进行转录动态调控机制研究，挖掘调控网络中的关键新生转录本。
(4) 研究染色质修饰的转录调控作用
PRO-seq可与染色质修饰图谱 (如H3K27me3) 结合，解析染色质状态对转录调控的作用机制。
百力格生物推出TT-seq与PRO-seq新生RNA建库试剂盒，致力于解决基因表达动态研究中的关键技术难点。该试剂盒基于优化的捕获与建库技术体系，可实现对新生RNA的高效、高灵敏度检测，为基因表达调控、疾病机制与药物靶点发现等前沿研究提供了实时动力学分析工具和一站式解决方案。
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产品特点
1. 捕获及建库全流程整合
试剂盒整合了新生RNA捕获、文库构建的所有试剂及流程，无需单独准备捕获组分及文库接头。同时简化了建库流程，大幅缩短建库时间。
2. 检测信噪比及灵敏度高
全面覆盖高/低丰度转录本和长/短寿命RNA，背景噪音低，在检测低丰度转录本 (如eRNA、短暂停基因) 时具有更高灵敏度。
3. 构建文库质量高
高效的酶反应体系，文库得率高、质量佳，测序覆盖度均匀，且数据拆分率高。
PRO-seq 文库的质检结果
TT-seq和PRO-seq该如何选用？TT-seq适用于研究转录速率以及新生RNA的整体水平，更关注转录产量和动态变化；PRO-seq则更侧重RNA 聚合酶在基因组上的定位，反映转录动态和即时转录活性，可以更细致地观察转录速度及转录过程中的各个阶段。
TT-seq | PRO-seq | |
研究对象 | 新生RNA整体丰度与转录速率 | RNA聚合酶精准定位与转录动力学 |
分辨率 | 高 | 极高 (单碱基精度) |
样本要求 | 活细胞 | 活细胞，新鲜组织或冰冻组织 |
应用 | 检测RNA动态，药物刺激响应、基因表达动力学 | 检测瞬时转录状态，如启动子活性、暂停机制、Pol II动力学 |
在实际研究中，两种方法也可以联合使用：TT-seq展现新生RNA表达的全局变化，PRO-seq提供转录过程和调控阶段的精细信息，以更全面地解析新生RNA的表达特点，以及这些表达变化在全基因组范围内的分布和调控特征。
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试剂盒链接：
TT-seq建库试剂 https://www.bioligo.com/produce/standard/detail/3550.html?type_id=807-933
PRO-seq建库试剂 https://www.bioligo.com/produce/standard/detail/3551.html?type_id=807-933
